1987-88赛季，球队取得31胜51负的成绩，在季后赛首轮被洛杉矶湖人队横扫。
1988-89赛季，马刺队迎来了新教练拉里·布朗，他的助教团队包括格雷格·波波维奇和R.C.布福德。然而伤病严重困扰了球队，最终仅获得21胜61负的成绩。在当年的选秀大会上，马刺以第三顺位选择了肖恩·埃利奥特。
雷霆

1993-94赛季，超音速队的成绩像过山车一样直线下滑，以63胜19负的NBA最佳战绩结束了常规赛，在季后赛首轮对阵掘金队拿下前两场时，被掘金队连胜3场淘汰出局，成为了NBA历史上第一支在季后赛中第1名被第8名淘汰的球队。但是队中有三名球员都进入联盟抢断榜的前14名。内特·麦克米兰 (第1)，加里·佩顿(第7)和吉尔 (第14)。佩顿的平均得分增加到了16.5分。肖恩·坎普凭借着平均每场拿下的18.1分和10.8个篮板入选了NBA年度第二阵容。
1995-96赛季，由乔治·卡尔率领的第四个赛季，超音速队的成绩更加辉煌。当常规赛结束时，超音速队的战绩为64胜18负。在季后赛中，超音速队首轮对阵国王队时以3-2的总比分取胜。在西部半决赛中，超音速队横扫卫冕冠军火箭队。接下来超音速队苦战了7场之后击败爵士队，自1979年获得总冠军以来第一次进入总决赛。但在总决赛中以2-4的总比分不敌公牛队。在球员方面:肖恩·坎普和加里·佩顿两人同时参加了全明星赛。坎普以平均每场19.6分成为了球队得分王。佩顿则以平均每场2.85次抢断成为联盟抢断王，并被授予NBA年度最佳防守球员奖。